Sekolah Menengah Pertama (SMP) Negeri 6 Salatiga, adalah SMP Negeri tertua ke-6 di Kota Salatiga, berdiri pada tahun 1982 tepatnya bulan Agustus 1982. Sebelum berdirinya bangunan SMP Negeri 6 Salatiga menginduk pada SMP-N 3 Salatiga dengan Kepala sekolah dijabat oleh Bapak Suhardi, BA. Pada saat itu akses menuju ke SMP-N 6 Salatiga sangat sulit, karena jalannya masih terjal. Akan tetapi, SMP Negeri 6 Salatiga berkembang seiring dengan perkembangan sosial dan budaya masyarakat Kota Salatiga baik kuantitas maupun kualitas outputnya.
Era tahun 1985 jumlah rombongan belajar masing-masing Kelas I : 3 rombongan belajar, Kelas II : 3 rombongan belajar, dan Kelas III : 3 rombongan belajar, jadi jumlah seluruhnya 9 rombongan belajar. Kemudian tahun 1996 jumlah kelas mulai bertambah 1 rombongan belajar, dan tahun 1998 hingga sekarang menjadi 24 rombongan belajar. Dilihat prestasi akademis maupun non akademis hampir setiap tahun masuk nominasi pada tingkat Propinsi Jawa Tengah. Awal tahun Pelajaran 2009/2010 SMP Negeri 6 Salatiga ditetapkan oleh Dirjend Pendidikan Dasar dan Menengah Sebagai Sekolah Standar Nasional (SSN), sudah pasti menjadi prestasi, tuntutan, dan tantangan bagi kemajuan SMP Negeri 6 Salatiga itu sendiri, baik di tingkat Kabupaten, Provinsi bahkan tingkat Nasional.
Tahun 1982 – 1982 dipimpin oleh Bapak Suhardi, BA.
Tahun 1982 – 1991 dipimpin oleh Bapak Wardojo, S. Pd.
Tahun 1991 – 1993 dipimpin oleh Bapak Tugiman
Tahun 1993 – 2000 dipimpin oleh Ibu Pudyastuti, BA.
Tahun 2000 – 2004 dipimpin oleh Bapak Koesno
Tahun 2004 – 2006 dipimpin oleh Bapak Bambang Subiyakto, S. Pd.
Tahun 2006 – 2012 dipimpin oleh Bapak Sugiharto, S. Pd., M. Pd.
Tahun 2012 – 2016 dipimpin oleh Ibu Endang Dwi Wahyuni, M.Pd.
Tahun 2016 – 2019 dipimpin oleh Ibu Mudjiati, M.Pd.
Tahun 2019 – 2023 dipimpin oleh Ibu Dra. Anna Maria Andharini, M.Pd.
Tanggal 1 Juni 2023 dipimpin oleh Ibu Dwi Setyawati, S.H., M.Pd., hingga sekarang.